1939 m. Zapyškyje pradėta statyti pseudoromantinio stiliaus bažnyčia su kvadratiniu bokštu. Tačiau statybos buvo užbaigtos tik 1942-aisiais, o tikintiesiems šventovė duris atvėrė jau sovietmečiu. Pastato fasaduose ne tik panaudoti modernizuoti istorinių architektūros stilių elementai, būdingi tarpukario Lietuvos architektūrai, bet ir sumaniai integruoti sugriautos bažnyčios sienų fragmentai, atpažįstami iš užmūrytų smailiaarkių langų.