Botanikos sodą kaip mokslo įstaigą Lietuvos prezidento A. Stulginskio įsaku 1923 m. įkūrė Konstantinas Regelis, šveicarų kilmės mokslininkas, pakviestas dirbti Lietuvoje. Jis iš pradžių buvo Lietuvos universiteto, o paskui VDU Gamtos katedros vedėjas, botanikos sode norėjęs sukaupti augalų pavyzdinę kolekciją.